Misją PECSA jest promocja badań oraz nauczania w zakresie problematyki Unii Europejskiej, analiza strategicznych aspektów funkcjonowania UE i jej polityk, rozwój współpracy i integracji między polskimi naukowcami a badaczami, uniwersytetami a instytucjami zajmującymi się tą problematyką, jak również promocja powiązań polskich badaczy z badaczami z innych państw UE, członkami sieci ECSA oraz instytucjami UE.

Celem prowadzonych działań naukowo-badawczych i dydaktycznych jest definiowanie odpowiedzi na wyzwania stojące przed Unią Europejską, jej państwami członkowskimi oraz obywatelami. Nasza instytucja, obok prowadzonych analiz i prac badawczych, inspiruje także tworzenie polityk Unii Europejskiej. Od początku swojego istnienia PECSA jest forum publicznej.